Utworzenie Krajowego Biura ds. Przeciwdziałania Narkomanii było konsekwencją niepokojących zmian na polskiej scenie narkotykowej występujących na przełomie lat osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych. Wraz z transformacją polityczną, społeczną i gospodarczą następował rozwój wielu niekorzystnych zjawisk społecznych. Wśród nich szczególne miejsce zajmowało coraz powszechniejsze używanie narkotyków, zwłaszcza przez młodzież. W połowie lat osiemdziesiątych ujawniono w Polsce pierwsze przypadki zakażeń wirusem HIV wśród osób uzależnionych przyjmujących narkotyki w drodze iniekcji, a w latach dziewięćdziesiątych zjawisko to zaczęło przybierać coraz większe rozmiary. W odpowiedzi na te problemy wzmożoną aktywność podjęły różne organizacje społeczne zainteresowane udzielaniem pomocy osobom z problemami narkotykowymi. Oczekiwały jednak wsparcia specjalistycznej instytucji rządowej, która byłaby partnerem przy realizacji ich zadań statutowych.

Powyższe okoliczności sprawiły, że w 1993 r. minister zdrowia i opieki społecznej powołał Biuro ds. Narkomanii, którego zadaniem było podejmowanie działań na rzecz ograniczania popytu na narkotyki. Do 1999 r. podstawowa działalność Biura obejmowała we współpracy z organizacjami pozarządowymi realizację zadań państwowych z zakresu profilaktyki narkomanii, leczenia, rehabilitacji i readaptacji osób uzależnionych.

W wyniku zmiany systemu ubezpieczeń społecznych i reformy administracyjnej kraju w roku 1999 zadania z zakresu leczenia osób uzależnionych od narkotyków przejęły regionalne kasy chorych. Ta sytuacja i jednocześnie toczący się proces akcesji Polski do Unii Europejskiej wymusiły konieczność zweryfikowania zadań statutowych Biura.

W 2000 r. na mocy zarządzenia ministra zdrowia Biuro ds. Narkomanii zostało przekształcone w Krajowe Biuro ds. Przeciwdziałania Narkomanii. Zmiana nazwy wiązała się ze zmianą struktury organizacyjnej, jak również z rozszerzeniem działalności Biura. Zapisy znowelizowanej w 2001 r. ustawy o przeciwdziałaniu narkomanii poszerzyły zakres kompetencji Krajowego Biura o prowadzenie koordynacji wszelkich działań podejmowanych na rzecz ograniczania popytu na narkotyki.

Współpraca międzynarodowa nabrała nowego wymiaru i znaczenia, w szczególności w zakresie dostosowywania polskich norm prawnych do dorobku prawnego krajów unijnych. W strukturze Biura powołano Centrum Informacji o Narkotykach i Narkomanii odpowiedzialne m.in. za gromadzenie danych na temat zjawiska narkomanii zgodnie ze standardami rekomendowanymi przez europejskie instytucje oraz monitorowanie realizacji Krajowego Programu Przeciwdziałania Narkomanii. Przyjęcie Polski do Unii Europejskiej zaangażowało czynnie przedstawicieli Polski w proces tworzenia prawa wspólnotowego, stąd udział przedstawicieli Krajowego Biura w pracach działającej przy Radzie Europejskiej Horyzontalnej Grupy ds. Narkotyków, zajmującej się m.in. opracowaniem Unijnej Strategii Antynarkotykowej na kolejne lata.